The Bourne Supremacy

To år efter Bourne (Matt Damon) blev fisket op af Middelhavet, kommer han atter i fokus, da nogle agenter bliver myrdet i Berlin. På gerningsstedet finder man hans fingeraftryk, og snart bliver han forsøgt snigmyrdet af en anden agent, men Bourne overlever med nød og næppe. Efter mordforsøget står det klart, at han ikke kan skjule sig, og han sætter alt ind på at få svar på, hvem han er - én gang for alle. Samtidig er en ny skrap agent på sagen om mordene i Berlin. Pamela Landy (Joan Allen) er opsat på at slå en klo i Bourne og begynder at grave i hans hidtil hemmeligholdte sagsakter. Det bliver dog hedt for alle, der modarbejder Bourne.