Vestindien i begyndelsen af 1700-tallet. Den berygtede pirat kaptajn Flint angribes fra flere sider, både af rivaliserende pirater og den britiske flåde, der ønsker at genvinde magten over territoriet. Til sin hjælp har han en ung og hensynsløs mand ved navn John Silver. "Black Sails" er en storslået eventyrserie i stil med "Game of Thrones".
Flint giver Dufresne gode råd i håb om at blive kaptajn igen, mens Silver forsøger at gøre sig uundværlig for de andre besætningsmedlemmer. Eleanor bliver bedt om at skille sig af med en kaptajn, og Rackhams ambitioner vokser sig store.